La flora y fauna del lugar es un atractivo inmenso para Huatulco ya que encontraremos especies arbóreas como el tepeguaje, los ficus mecianos, el colorín y manglares en el cordón litoral. La fauna cuenta con los armadillos, venado cola blanca, tlacuaches, iguanas, boas y víboras, así como una extensa variedad de aves donde las mas características son las urracas, los zanates, el colibrí, los halcones, pelícanos, gaviotas, gorriones y loros.

Huatulco cuenta con una extensión de  21,000 hectáreas de las cuales 16,400 están destinadas a la regeneración y conservación del equilibrio ecológico, y dentro de las que encontramos El Parque Nacional Huatulco declarado en 1998 por el Gobierno Federal como área natural protegida con el objetivo de conservar los recursos naturales y culturales de la costa sur de Oaxaca, protegiendo con ello a 413 especies de plantas, 130 especias y subespecies de mamíferos, 291 especies de aves, 72 especies de reptiles y alrededor de 15 especies anfibias, que representan la gran variedad biológica que forma parte del patrimonio regional y mundial, así como para promover la realización de actividades científicas, educativas, recreativas y culturales bajo un principio de conservación y reestructuración, manejo racional y sustentabilidad.